La noix de muscade fut à l'origine cultivée par les Arabes au Moyen Âge depuis les îles Bandanote 1 dans l'archipel des Moluques aujourd'hui en Indonésie1 et vendue aux Vénitiens à des prix élevés, bien que le lieu exact de sa culture ne fut jamais révélé à ces derniers2.
Au xve siècle, les Européens cherchent à atteindre directement les îles productrices des épices pour se les procurer à prix moindre que celui payé aux Arabes, qui les achetaient eux-mêmes aux commerçants asiatiques. Les Portugais étaient les mieux placés dans cette quête car ils avaient déjà une base à Goa, en Inde. C'est de là qu'en 1511 part une flotte dirigée par le vice-roi des Indes, Afonso de Albuquerque, qui prend Malacca, alors le plus important port d'Asie du Sud-Est. Malacca leur servira de base. Ils essaieront sans succès d'imposer leur monopole à la production et au commerce des épices.
Ce seront finalement les Hollandais de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC) qui, après avoir évincé les Portugais des îles de la Sonde, lanceront le commerce avec des noix stérilisées. La peine de mort était alors appliquée aux contrebandiers.
Les Français, établis dans l’océan Indien, parviendront au xviiie siècle à s’approprier quelques plants. Après plusieurs années d’essais, ils réussiront à cultiver la muscade sur l'Île de France et sur l'Île Bourbon ; le monopole était brisé.
L’occupation anglaise des îles Moluques va entraîner le transfert de la culture des muscadiers en Malaisie puis à Singapour.
Vers le milieu du xixe siècle, les plantations asiatiques seront touchées par une épidémie. La culture du muscadier est alors développée aux Antilles et notamment à la Grenade en 1843.
La noix de muscade a fait la fortune de la Grenade jusqu'au passage de l’ouragan Ivan en septembre 2004. La Grenade était alors le deuxième producteur mondial avec 30 % de la production. 60 % des plantations ont été détruites et ce n'est qu'en 2017 que l'île a retrouvé son niveau de production antérieur. Les principaux producteurs de noix de muscade sont aujourd'hui l'Inde, l'Indonésie et le Sri Lanka.
