En juillet 1990, un tribunal de première instance condamne Hiroshi Miyano, le chef présumé du crime, à 17 ans de prison. Il fait appel de sa sentence, mais le juge de la Haute Cour de Tokyo Ryuji Yanase le condamne à trois ans de prison supplémentaires. Cette peine de 20 ans est la deuxième plus élevée prononcée au Japon avant la prison à vie9,2. Il avait 18 ans au moment du meurtre. La mère de Miyano aurait envoyé aux parents de Furuta 50 millions de yens après avoir vendu la maison familiale10. Miyano est libéré sur parole en 2009. Il est de nouveau arrêté en 2013 pour soupçons de fraude mais relâché faute de preuves[réf. nécessaire].
Pour sa participation au crime, Jo Ogura fait 8 ans de prison juvénile avant d'être relâché, en août 1999. Il change alors de nom pour celui de Jo Kamisaku. En juillet 2004, il est arrêté pour avoir agressé une connaissance, qu'il pensait être en train d'éloigner sa petite amie de lui4. Kamisaku est condamné à 7 ans de prison pour le passage à tabac. Sa mère a vandalisé et souillé la tombe de Junko Furuta, déclarant que cette dernière avait ruiné la vie de son fils11.
Minato Nobuharu, qui avait été condamné à l'origine à une peine de quatre à six ans, est de nouveau condamné à cinq à neuf ans par le juge Ryuji Yanase en appel9,2. Il avait 16 ans au moment du meurtre. Les parents et le frère de Minato n'ont pas été inculpés. Les parents de Furuta, consternés par les peines modérées prononcées contre les assassins de leur fille, gagnent un procès civil contre les parents de Nobuharu Minato, au domicile duquel les crimes ont été commis. Après sa libération, Minato emménage chez sa mère. En 2018, Minato est arrêté à nouveau pour tentative de meurtre après avoir battu un homme de 32 ans avec une barre de métal et lui avoir tranché la gorge avec un couteau