En 2019, une étude a porté sur 395 échantillons de la France métropolitaine. Il en ressort que la France métropolitaine affiche une homogénéité globale, avec peu de différence entre les individus. Globalement la structure génétique de la France suit les deux fleuves, la Loire et la Garonne, entre le nord et le sud, ainsi que dans une moindre proportion, l’Adour entre le sud-ouest et le sud https://www.nature.com/articles/s41431-020-0584-1
Elle se partitionne en trois principaux groupes génétiques :
le groupe basque dans le sud-ouest de la France qui rassemble les populations basquophones de France. Un groupe de la région franco-cantabre non-bascophone (les Gascons par exemple) fait office de pont avec le groupe principal. Le Pays basque se distingue notamment par une prééminence particulière de l’haplogroupe H (ADNmt) atteignant presque 60 % comme la région basque espagnole. En revanche les Basques espagnols différent sur certains haplogroupes notamment au niveau de la fréquence de l’haplogroupe J, marqueur de la période néolithique, plus fréquent chez les Basques français https://www.biorxiv.org/content/10.1101/718098v2
le groupe corse. Cette population est génétiquement plus proche des Italiens du nord et du centre. Les Corses sont caractérisés par une forte proportion d'ascendance des fermiers européens du néolithique (EEF), comme les Italiens, les Espagnols ou les populations des Balkans. Dans la période qui va de la fin de l’Empire romain aux invasions sarrasines, un flux en provenance d’Italie ou d’Espagne a marqué l’île https://www.biorxiv.org/content/10.1101/718098v2
le groupe principal rassemble des populations de l'ouest, du nord, du centre, du sud et de l'est. Les Bretons se séparent légèrement du reste du groupe : la Bretagne présente des lignées paternelles moins variées que le reste du pays, ce qui suggère un possible effet fondateur dû à un certain isolement. Par ailleurs, cette région montre une affinité génétique avec la Grande-Bretagne et l’Irlande probablement expliquées par les migrations de l’Irlande à la Bretagne survenue au ive siècle apr. J.-C. ainsi que par l’émigration d’irlandais pendant la guerre d’Irlande (1641-1651) dans le Finistère et les Côtes d’Armor.