Y'a eu une volonté de situer les Zelda dans le même univers et d'établir une timeline entre les jeux principaux de la série. Zelda II est littéralement la suite du premier ; ALTTP a toujours été présenté comme un prequel aux deux épisodes NES ; OOT narre les évènements du prologue d'ALTTP ; les histoires de WW et de TP s'inscrivent dans la continuité d'OOT dont Majora's Mask est la suite directe ; SS est présenté comme le premier Zelda... Enfin bref, Nintendo ne s'en fout pas totalement. Ça dépasse le stade de la simple référence.
Après, je ne pense pas qu'un effort particulier ait été fait pour intégrer tous les Zelda dans une timeline cohérente (surtout les épisodes un peu randoms) et que Nintendo souhaite limiter sa liberté de création pour respecter le lore. Hyrule Historia apparaît comme une tentative un peu factice pour sauver tout le bordel, de ce point de vue, en ajoutant une 3e timeline.
On a bien vu avec BOTW qu'ils ont fait en sorte que le jeu puisse se dérouler dans n'importe quelle timeline et qu'il est placé si loin dans le temps que ça n'a plus d'importance.