Les deux femmes, âgés d'une cinquantaine d'années, "étaient des employées de l'école" Malmö Latin, un lycée du centre de la troisième ville du pays, a précisé la police dans un communiqué.
Selon les médias locaux, l'auteur présumé des meurtres a lui-même contacté le numéro d'urgence pour dire où il se trouvait, qu'il avait posé son arme et qu'il reconnaissait avoir tué deux personnes.
Selon plusieurs médias suédois, il était armé d'un couteau et d'une hache.
L'interpellation s'est faite sans difficulté peu après l'arrivée d'une première patrouille, selon le récit de la police.
Plus tôt dans la soirée, un premier bilan avait fait état de deux blessés parmi la cinquantaine de personnes se trouvant dans l'établissement au moment des faits.
Les deux victimes "ont été conduites à l'hôpital mais leurs vies n'ont pas pu être sauvées", ont expliqué les autorités.
Alertée vers 17H15 locales (16H15 GMT), la police avait dépêché d'importants moyens et une première patrouille avait pu entrer dans l'établissement.
Des images montrent des policiers lourdement équipés et armés inspecter l'intérieur du bâtiment.
Après des premières informations faisant état de cris dans l'établissement, "nous avons eu plus d'informations suggérant qu'un crime grave était en train d'être commis avec des actes de violence à l'intérieur de l'école", avait expliqué à l'AFP un porte-parole de la police, Nils Norling.
- Mobile inconnu -
"La première patrouille de police sur place a pu arriver dans l'école et arrêter un suspect mâle. Ils ont également pu voir qu'il y avait deux blessés à l'intérieur du lycée", a-t-il relaté devant l'établissement.
Aucun mobile n'a été établi ni même évoqué. Après avoir longuement inspecté les lieux et interrogé des témoins, les autorités sont convaincues que le suspect a agi seul.
"Un grand travail nous attend pour comprendre ce qu'il s'est passé et la motivation derrière cette acte effroyable", a commenté Åsa Nilsson, une des responsables de l'enquête.