Afin de faire des RT-qPCR, je voudrais créer ma propre TAQ polymérase et autres réactifs afin de ne pas feed des grosses firmes qui gonflent les prix car souvent destiné à des laboratoires avec des budgets démesurés
Voilà ce que je pourrais faire, j'en aurais pour plusieurs années comme ça
Commander le plasmide de Thermus aquaticus et Pyrococcus furiosus (70$ l'unité environ)
Transformer le plasmide en bactéries (choc thermique ou électroporation)
Ajouter du NP-40 pour garder les enzymes stables
Supprimer les protéines non-voulues en chauffant à 75°C (Thermus et Pyrococcus résisteront car ils sont tous les deux thermophiles, alors que les autres seront dénaturées et précipitées)
Titrer la quantité de polyéthylèneimine utilisée pour précipiter les enzymes (en ajouter trop inhibera la précipitation.)
Titrer la concentration finale en enzymes (trop d'enzymes interfèrera avec la PCR)
Purifier dans un tube de dialyse
Conserver l'enzyme purifiée dans 50 % de glycérol (en aliquotes de 50 à 100 µl) à -80°C et elle sera stable pendant des années. Ils peuvent aussi être conservés à -20°C pendant plusieurs mois.
Lors de la préparation, ajouter de l'albumine de sérum bovin (100 µg/mL) pour aider à combattre une éventuelle contamination par la protéase ainsi qu'aider à stabiliser l'enzyme
Quelques références
Engelke et al., (1990) Purification of Thermus aquaticus DNA polymerase expressed in Escherichia coli. Anal Biochem. 191(2):396–400. An early paper describing the cloning of Taq, including purification details.
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Farralli et al., (2007) Making Taq DNA Polymerase in the Undergraduate Biology Laboratory. Bios 78(2):69–74. Describes an adapted Taq purification for use in undergraduate teaching labs. Also good if you just wanted to make smaller preps for your own lab.
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Moazen et al., (2012) Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in Escherichia coli. Adv Biomed Res. 1:82. Recent report on improved Taq purification.
pTAQ Plasmid Information. Web based resource with many details about Taq, including a full purification protocol.
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[Bio101] Preparation of Taq DNA Polymerase. Another web based Taq purification protocol.
Existe-t-il des petits formats pour congeler à -80°C sans encombrer la pièce ? autrement -20°C fera l'affaire, est-t-il aussi possible de stocker un peu moins, pendant combien de moi l'enzyme restera stable ?
Pour le thermocycleur (vendus minimum 5 000$ par de grandes firmes avec des prix délirants et injustifiés), il existe un projet open source, NinjaPCR (la machine coûte 300$)
Auquel il faut ajuste la NinjaLAMP (50$) permettant de faire un marqueur fluorescent et d'interpréter les résultats
https://ninjapcr.tori.st/en/index.html
https://github.com/hisashin/NinjaPCR
https://github.com/hisashin/NinjaLAMP
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Il existe aussi d'autres réactifs, si ce n'est las totalité, qui peuvent être fait maison totalement ou partiellement permettant ainsi d'économiser des sommes considérables, les grands laboratoires vendent leurs produits à prix d'or car ils ne sont pas destinés aux particuliers, engloutissant ainsi toujours plus de subventions