Poutine était premier ministre et il a organisé le fase flag pour avoir un pretexte pour défoncer la Tchétchénie
Certains, par exemple l'ancien agent des services secrets russes Alexandre Litvinenko (mort empoisonné en 2006), soutiennent que ces attentats sont le fait du gouvernement russe (donc une opération sous fausse bannière) pour justifier la seconde guerre de Tchétchénie, à la fin du régime de Boris Eltsine, et établir le pouvoir de Vladimir Poutine en Russie21. Ces déclarations ont toujours été considérées, par le gouvernement russe, comme des tentatives de déstabilisation du pays, rappelant que Litvinenko était lié à Boris Berezovski, opposant à Poutine exilé à Londres, ainsi qu'au djihadiste tchétchène Chamil Bassaïev.
Le 25 janvier 2011, sur France Inter, Hélène Blanc, politologue et spécialiste de la Russie au CNRS, commentant le récent attentat de l'aéroport Domodedovo de Moscou, affirme qu'est établie la responsabilité du FSB et non de la République tchétchène d'Itchkérie dans les attentats de 1999 :
« Je crois qu'il faut se garder d'interpréter rapidement les attentats, par exemple de 1999, qui ont servi d'alibi à déclencher la seconde guerre de Tchétchénie. Eh bien il est aujourd'hui clair, ça ne l'était pas à l'époque bien entendu, mais maintenant nous savons que ces attentats n'étaient pas du tout l'œuvre des Tchétchènes auxquels on les a attribués, mais l'œuvre du FSB. D'ailleurs, il y a eu trois attentats au total dans différentes villes, mais la quatrième ville, Riazan, là le FSB a été pris la main dans le sac. Par la suite, on a su que non seulement le modus operandi n'était pas du tout dans l'habitude tchétchène, mais qu'en plus les explosifs n'étaient pas des explosifs tchétchènes mais bien des explosifs russes. Le FSB est capable de beaucoup de choses, y compris contre son peuple. »22.