Edens Zero tourne autour du personnage de Shiki Granbell, un orphelin qui a été élevé par des animatroniques dotés d'une conscience sur un parc à thème. Ce parc est visité par deux aventuriers, Rebecca et son chat de compagnie Happy, avec qui Shiki se lie d'amitié pendant qu'ils enregistrent des vidéos pour le site de partage de vidéos B-Cube. Vers la fin de la durée de vie de leur batterie, les robots font croire à Shiki qu'ils sont soudainement hostiles aux humains et qu'ils tentent de tuer les deux visiteurs. En réalité, cette comédie est censée inciter Shiki à partir avec Rebecca et Happy dans le but de l'empêcher de rester seul sur la planète destinée à l'abandon. Après avoir vaincu à contrecœur les robots grâce à son pouvoir lui permettant de contrôler la gravité, Shiki rejoint Rebecca et Happy dans leur guilde d’aventuriers, la Bougie du Météore[5], pour explorer le Cosmos Sakura dans l'espoir de devenir les premiers aventuriers à trouver Mother, déesse mystérieuse de l'univers.
