Le 26 décembre 2020, il est officialisé entraîneur du FC Nantes jusqu'à la fin de la saison 2020-2021, alors que le club est dans le bas du tableau de Ligue 1 à la seizième place et avec seulement 3 points d'avance sur le premier relégable. Le 31 janvier 2021, à la suite d'une défaite contre l'AS Monaco (1-2), il devient le premier entraîneur du FC Nantes à ne remporter aucun de ses six premiers matchs de Ligue 1 (QUATRES nuls, deux défaites).