il y a deux chronologies dans le film (réalité alternatives; dualitée)
La première est celle qui se déroule au tout début et à la toute fin. La ligne de temps 2 est tout ce qui se passe entre le moment où Donnie est attiré hors de chez lui par une hallucination, et le moment où la mère et la soeur de Donnie sont dans l'accident d'avion. La ligne de temps 2 se déroule instantanément dans la ligne de temps 1. Il y a une différence essentielle entre les deux lignes de temps : Dans la ligne de temps 1, Donnie était dans sa chambre lorsque le moteur de l'avion s'est écrasé sur la maison, et il est mort. Dans la ligne de temps 2, Donnie avait quitté la maison, n'a pas été tué, et a donc continué à faire tout ce qui se passe dans cette ligne de temps. Maintenant, dans la ligne de temps 2, Donnie interagit avec Frank le lapin (son hallucination), tombe amoureux de Machin, vandalise son école et tout le reste, et bien sûr apprend tout sur le voyage dans le temps grâce à la folle qui vérifie toujours son courrier. Mais il finit aussi par faire tuer sa petite amie et le type qui l'a renversée, à la suite d'une série d'événements tragiques. La chronologie 2 rend Donnie responsable de deux tragédies impensables. Et, dans la deuxième ligne de temps, sa sœur et sa mère meurent dans un accident d'avion. Le moteur qui a tué Donnie dans la ligne de temps 1 provenait de l'avion dans lequel sa mère et sa soeur sont mortes dans la ligne de temps 2, et l'hallucination qui a amené Donnie dans la ligne de temps 2 (la ligne de temps d'où provenait la chose qui allait le tuer dans la ligne de temps 1), provenait du meurtre que Donnie a commis dans la ligne de temps 2. Frank le lapin était une tragédie qui s'est créée d'elle-même, pour que Donnie puisse la mettre au jour. Et, en fin de compte, toute la ligne de temps 2 était une série de tragédies générées par elle-même, pour que Donnie la défasse, en utilisant les retombées des tragédies de cette ligne de temps pour modifier le passé (en se tuant), empêchant la ligne de temps 2 d'être jamais créée par elle-même. Donc, après que Donnie ait tué Frank, il réalise que son GF n'aurait pas été tué, et qu'il n'aurait pas simplement tué Frank, s'il avait été tué par ce moteur en premier lieu. Il utilise donc les pouvoirs de voyage dans le temps qu'il a obtenus de la vieille femme et de son livre, pour envoyer le moteur de l'avion de sa mère et de sa soeur dans le passé, pour le tuer, et faire en sorte que la ligne de temps 2 n'existe plus, le ramenant directement dans sa chambre (et dans la ligne de temps 1), où il se trouvait au début du film, pour finalement être tué par le moteur. C'est à ce moment que Donnie réalise que la ligne de temps 2 était une réalité alternative créée pour lui montrer qu'il devait choisir de l'effacer et de mourir dans sa vraie réalité, afin de ne pas mourir seul. Réalisant tout cela dans les quelques secondes qui lui restent avant que le moteur ne le tue, Donnie rit de façon incontrôlable, parce que... il trouve ça un peu drôle, et il trouve ça un peu triste. Le rêve dans lequel il meurt est le meilleur qu'il ait jamais eu.
